Төрийн аудитын байгууллага нь эрдэмтэн, судлаачдын судалгааны үр дүнг аудитад ашиглах, мэргэжлийн хөндлөнгийн шинжээч шаардагдах зарим аудитад нарийн мэргэжлийн шинжээч татан оролцуулж үйлчилгээ, зөвлөгөө авах хуулийн зохицуулалттай.

Төрийн аудитын тухай хуулийн дээрх зохицуулалтын хүрээнд шинжээч, мэргэжлийн байгууллагуудтай үр нөлөө бүхий хамтын ажиллагаа бий болгох горим тогтолцоо бий болгон ажиллаж байна. Шаардлагатай тохиолдолд нарийн мэргэжлийн хөндлөнгийн шинжээч, экспертийг аудитад оролцуулах нь цаг хугацаа, хөрөнгө, хүний нөөц хэмнэх, аудитын чадварлаг баг бүрдүүлэхээс гадна аудитын чанар, үр нөлөөг дээшлүүлэх чухал нөлөөтэй юм.

Төрийн аудитын байгууллага нарийн мэргэжлийн шинжээч болон мэргэжлийн байгууллагын талаарх мэдээллийн сан бий болгож, аудитын үйл ажиллагаанд ашиглаж байгаа нь тэдгээртэй харилцах харилцааг өргөжүүлж, шинжээчийг оновчтой сонгох боломжийг нэмэгдүүлж байна.

Мэргэжлийн болон судалгааны байгууллагуудтай хийж буй харилцаа нь нийгэмд тулгарч буй асуудлыг аудитын эрсдэлийг тодорхойлох төлөвлөлтийн үе шатанд харгалзан үзэж, аудитын дүгнэлтэд тусган УИХ, ЗГ-т уламжилж шийдвэрлүүлэх боломжийг бүрдүүлж байгаа харилцан ашигтай, үр дүнтэй харилцаа гэдгийг харуулж байна.

Төрийн аудитын байгууллага болон мэргэжлийн байгууллага, шинжээчийн хамтын ажиллагааны үр дүнд аудитын чанар үр нөлөө сайжирч иргэд олон нийтийн ашиг сонирхолд нийцсэн шийдэл гаргах нөхцөл бүрдэхээс гадна төрийн санхүү, төсвийн хяналтыг үр дүнтэй хэрэгжүүлэх хүчин зүйл болно.